Negi Springfield, petit génie de 10 ans, sort d'une école de magie en Écosse. Il ne lui reste qu'un stage de fin d'études à réaliser pour terminer officiellement son cursus. Il se retrouve ainsi professeur d'anglais dans un collège de filles au Japon. Sa classe se compose de 31 filles, toutes dotées d'une forte personnalité, qu'il a bien du mal à maîtriser du haut de ses 10 ans et de sa petite taille. L'une d'elles, Asuna Kagurazaka, se voit à son grand dam contrainte par le directeur de l'école d'héberger Negi chez elle, le temps de lui trouver un appartement. Très vite, elle découvre qu'il est magicien et menace de tout dévoiler...